Cara bedakan ikan guppy jantan dan betina sangat penting bagi mereka yang ingin membudidayakan ikan guppy atau hanya ingin mengetahui jenis kelamin ikan guppy peliharaannya.
Ikan guppy jantan dan betina memiliki perbedaan fisik yang cukup jelas. Ikan guppy jantan umumnya lebih kecil dari ikan guppy betina, dengan bentuk tubuh yang lebih ramping. Sirip ikan guppy jantan juga lebih panjang dan berwarna lebih cerah dibandingkan ikan guppy betina. Selain itu, ikan guppy jantan memiliki organ yang disebut gonopodium, yang merupakan sirip dubur yang dimodifikasi yang digunakan untuk kawin.