Cara ikan molly berkembang biak adalah melalui proses pembuahan internal. Ikan molly jantan memiliki organ reproduksi yang disebut gonopodium, yang merupakan sirip dubur yang dimodifikasi menjadi alat untuk mentransfer sperma ke ikan molly betina.
Ikan molly betina memiliki lubang reproduksi yang disebut porus genital, yang terletak di dekat sirip dubur. Saat ikan molly jantan ingin kawin, ia akan mendekati ikan molly betina dan menempelkan gonopodiumnya ke porus genital betina. Sperma kemudian akan ditransfer ke betina, dan telur akan dibuahi secara internal.