Cara membedakan ikan mas koki mutiara jantan dan betina adalah dengan melihat ciri-ciri fisiknya. Ikan mas koki mutiara jantan biasanya memiliki tubuh yang lebih ramping dan memanjang dibandingkan dengan betina. Sirip punggung jantan juga lebih panjang dan tegak, sedangkan sirip punggung betina lebih pendek dan membulat. Selain itu, jantan memiliki tonjolan kecil di bagian kepala yang disebut “pearl” atau “mutiara”, sedangkan betina tidak memilikinya.
Membedakan jenis kelamin ikan mas koki mutiara sangat penting untuk tujuan pengembangbiakan. Dengan mengetahui jenis kelamin ikan, peternak dapat memasangkan ikan yang tepat untuk mendapatkan keturunan yang diinginkan. Ikan mas koki mutiara jantan dan betina juga memiliki kebutuhan nutrisi yang berbeda, sehingga mengetahui jenis kelaminnya dapat membantu dalam memberikan pakan yang tepat.