Cara membedakan ikan molly marble jantan dan betina dapat dilakukan dengan memperhatikan beberapa ciri fisiknya. Ikan molly marble jantan umumnya memiliki tubuh yang lebih kecil dan ramping dibandingkan dengan betina. Sirip punggung ikan molly marble jantan juga lebih panjang dan runcing. Selain itu, ikan molly marble jantan memiliki gonopodium, yaitu organ reproduksi yang berbentuk seperti tabung kecil di bagian belakang sirip dubur. Sementara itu, ikan molly marble betina memiliki tubuh yang lebih besar dan bulat. Sirip punggungnya lebih pendek dan membulat. Ikan molly marble betina juga tidak memiliki gonopodium.
Membedakan jenis kelamin ikan molly marble sangat penting untuk tujuan pembiakan. Peternak ikan molly marble perlu mengetahui jenis kelamin ikannya agar dapat mengawinkan jantan dan betina untuk menghasilkan keturunan. Selain itu, mengetahui jenis kelamin ikan molly marble juga dapat membantu pemelihara ikan dalam mengatur jumlah ikan di akuarium.