Cara mengobati ikan koki jamuran adalah dengan menggunakan obat antijamur yang dijual di toko ikan. Obat tersebut biasanya berbentuk cair atau bubuk dan harus dicampurkan ke dalam air akuarium. Dosis obat harus disesuaikan dengan ukuran akuarium dan jumlah ikan yang ada di dalamnya. Ikan koki yang terkena jamur biasanya akan menunjukkan gejala seperti bercak putih atau abu-abu pada tubuh, sirip, atau insang, serta nafsu makan yang menurun dan perilaku yang tidak biasa.
Selain menggunakan obat antijamur, ada beberapa cara alami yang bisa dilakukan untuk mengobati ikan koki jamuran, di antaranya: